PSI-
дозволяє користувачам створювати та виконувати пошук NCBI BLAST із спеціальним,
які можуть допомогти знайти віддалені еволюційні зв’язки. Користувачі можуть вказати файли шаблонів для обмеження результатів пошуку за допомогою функції PHI-BLAST у розділі «Додаткові параметри».
Розширений час пошуку домену Accelerated BLAST (DELTA-BLAST) є швидшим, чутливішим і точнішим, ніж PSI-BLAST. PSI-BLAST створює численні вирівнювання та матриці оцінки позиції (PSSM).
PSI-BLAST дозволяє користувачеві побудувати PSSM (матрицю оцінки позицій), використовуючи результати першого запуску BlastP. PHI-BLAST виконує пошук, але обмежує вирівнювання тими, які відповідають шаблону в запиті.
Прогнозування функції білка: PSI-BLAST можна використовувати для прогнозування функції білка на основі подібності його послідовності до білків із відомою функцією. Ідентифікуючи гомологічні білки з відомими функціями, PSI-BLAST може зробити висновок про функцію запитуваного білка.
Як правило, цей поріг є меншим значенням, ніж максимальний рівень очікування за замовчуванням 0,005. Можна обійти початковий крок blastp, надавши PSSM, збережений під час попереднього пошуку, або вказавши набір вирівняних послідовностей, які потім використовуються для створення початкового PSSM.
Цей PSSM використовується для подальшого пошуку нових збігів у базі даних і оновлюється для наступних ітерацій із цими щойно виявленими послідовностями. Таким чином, PSI-BLAST забезпечує засоби виявлення віддалених зв'язків між білками.
Щоб побудувати PSSM, білкові послідовності передаються в бази даних послідовностей, такі як NCBI, як файли FASTA для виконання пошуку BLAST. Виконавши кілька вирівнювань, можна отримати файл PSSM. Отриманий PSSM можна використовувати як новий запит до набору даних. (B) Схематичне представлення перетворення рядків і стовпців.