Тим часом, повертаючись до Віттенберга, Лютер був «викрадений» солдатами Фрідріха і таємно доставлений до замку Вартбург поблизу міста Айзенах., де він переховувався більшу частину року. У цей період мало хто знав про місцеперебування Лютера; більшість думали, що він мертвий.4 дні тому
Богослов Юст Йонас задокументував версію його смерті, прийняту послідовниками Лютера. Згідно з цією версією, Лютер читав молитви, благав Господа забрати його душу і тоді його почуття згасли. 18 лютого 1546 р. Лютер помер у віці 62 років.
95 тез були негативно сприйняті Церквою, включаючи таких лідерів, як Папа Римський та Імператор Священної Римської імперії. Негативна реакція на 95 тез Лютера призвела до Лютера звинуватили в єресі та відлучили від католицької церкви, дія, яка не турбувала Лютера з кількох причин.
Чому Лютера відправили з Риму до Віттенберзького університету? Він був одержимий своєю гріховністю, і його професори дратувалися на нього і вважали, що він добре викладатиме Писання.
У січні 1521 р. Папа Лев X відлучив Лютера від церкви. Через три місяці Лютера покликали захищати свої переконання перед імператором Священної Римської імперії Карлом V на сеймі у Вормсі, де він був відомим зухвалим. За відмову зректися своїх творів імператор оголосив його поза законом і єретиком.
В останні хвилини Лютера його друг Юст Йонас запитав: «Чи хочеш ти померти, твердо стоячи на Христі та вченні, якому ти навчав?» Він рішуче відповів: «Так!» Останніми словами Лютера були: «Ми жебраки. Це правда».