Набір різних пар праймерів для секвенування гена 16S рРНК, що охоплюють одну, дві або три варіабельні області від V1 до V9, є зазвичай використовується для аналізу мікробного складу. Залежно від вхідного матеріалу (наприклад, зразки кишківника людини, аналіз води, мулу, дослідження харчових продуктів тощо) використовуються різні пари праймерів. 24 лютого 2021 р.
Секвенування 16s рРНК є безкультурним методом ідентифікувати та порівнювати різноманіття бактерій у складних мікробіомах або середовищах, які важко вивчити. Він зазвичай використовується для ідентифікації бактерій, присутніх у певному зразку, аж до рівня роду та/або виду.
Аналіз послідовності гена 16S рРНК може краще ідентифікувати погано описані, рідко ізольовані або фенотипово аберрантні штами, може регулярно використовуватися для ідентифікації мікобактерій і може призвести до розпізнавання нових патогенів і некультивованих бактерій.
Буквар 27f/1492r є найпоширеніший праймер для ідентифікації видового рівня (Френк та ін., 2008). Доступні на даний момент праймери можуть виявити склад переважаючих бактерій у зразку шляхом ампліфікації та секвенування.
«Універсальні» праймери 16S рРНК можна використовувати для ідентифікації різних видів бактерій, оскільки: У різних видів бактерій сегменти послідовності 16S рРНК ідентичні.
Ген малої рибосомної субодиниці (16S рРНК) зазвичай використовується для вивчення таксономічного складу мікробних спільнот в їх природному середовищі. Кілька наборів праймерів для цього маркерного гена були ретельно протестовані на різних наборах зразків, але ці зазвичай походить із середовищ низьких широт.