Вісім років провів Гончаров у училище (1822-1830). Хоча навчання було для нього малоцікавим, його ім'я регулярно містилося на «червоній дошці» училища. Духовний і моральний розвиток Гончарова йшов, однак, своєю чергою. Він багато читав.
Навчання хлопчика почалося в приватному пансіоні, а потім цілих вісім років він провів у Московському комерційному училищі, де вчився разом із старшим братом. Майбутньому письменнику навчання не дуже подобалося, але він встигав з усіх предметів. У цей час його по-справжньому захопила література, а книг він перечитав безліч.
Одночасно з Гончаровим в Московському університеті вчилися Олександр Герцен, Віссаріон Бєлінський. На словесному відділенні з письменником займався поет Михайло Лермонтов: «Лермонтов… здавався мені апатичним, говорив мало і сидів завжди в лінивій позі, напівлежачи, спершись на лікоть».
Навчання давалося йому складно і було нецікавим. У 1831 році Гончаров вступив до Московського університету на факультет словесності, який через три роки успішно закінчив. Після повернення до рідних країв, Гончаров служив секретарем губернатора.