У інфузорії два ядра. Макронуклеус, або велике ядро, регулює обмін речовин та рух (це вегетативне ядро). Мікронуклеус, або мале ядро, забезпечує статевий процес.
Мікронуклеус (або ж мале ядро), бере участь у розмноженні організму, у ньому присутній повний геном. Мале ядро відходить від великого ядра і ділиться на дві частини, які розходяться до переднього та заднього кінців тіла. Пізніше ділиться і велика ядро.
Макронукле́ус, або вегетативне ядро – Велике ядро клітин інфузорій. В інтерфазі саме в цьому ядрі відбуваються процеси транскрипції РНК, отже, макронуклеус управляє життєдіяльністю клітини, що не ділиться.
На поверхні тіла вони мають органоїди руху — вії. В клітці два ядра: велике ядро відповідає за харчування, дихання, рух, обмін речовин; мале ядро бере участь у статевому процесі. Організм інфузорії влаштований складніше.