Вільна енергія цілого
розраховується за підсумовуючи вільну енергію розкладених петель найближчих сусідів. Ми можемо ефективно розрахувати оптимальну вторинну структуру, яка має мінімальну вільну енергію, використовуючи техніку динамічного програмування (DP), добре відомий алгоритм Цукера5.11 лютого 2021 р
ЯМР пропонує потужний інструмент для визначення вторинної структури РНК. На відміну від експериментів хімічного зондування, які забезпечують одновимірну реакційну здатність на нуклеотид без чіткої інформації про спарювання основ, експерименти ЯМР можуть виявити водневі зв’язки між парами основ.
Прогноз вторинної структури однієї послідовності.
| Ім'я | Вузли | Посилання |
|---|---|---|
| РНКскладка | немає | вихідний код, веб-сервер |
| Форми РНК | немає | джерело та двійкові файли, веб-сервер |
| Структура РНК | так | джерело та двійкові файли, веб-сервер |
| САРНА-Передкт | так | посилання |
Вторинна структура РНК представлена список нуклеотидних основ, з'єднаних водневими зв'язками в його нуклеотидній послідовності. Укладання цих пар основ утворює каркас, що керує згортанням тривимірних структур РНК1.
Коли розробляються нові методи прогнозування вторинної структури РНК, вони зазвичай порівнюються з існуючими методами прогнозування структур для набору послідовностей із прийнятними структурами, а потім порівняння прогнозів із прийнятими структурами.
BRiQ — це інструмент прогнозування й уточнення структури РНК, який використовує алгоритм вибірки, орієнтований на нуклеооснову, у поєднанні з потенціалом, заснованим на знаннях (38).Цей метод спрямований на підвищення точності структурних моделей РНК шляхом уточнення локальних і глобальних конформацій навколо передбачених або відомих пар основ.