Назва дана на честь Пошехонського сироробного заводу, де цей сир виготовляли.
Виробництво цього сиру було запущено у 1960-му році на Пошехонському сироробному заводі (Пошехтіння, Ярославська область). Автором рецепту став П. А. Авдієнко, але технологія виробництва сиру було затверджено співробітниками Угличського ВНДІМС вже після його смерті.
Пошехонському сиру потрібно менше часу. Правильні очі утворюються в результаті діяльності мікроорганізмів, які дихають і виділяють вуглекислий газ. Тим самим сирна маса розсувається і з'являються округлі дірочки. У російського сиру немає правовласника – цікава особливість походження цього бренду.
У Росії до Петра I сир вироблявся «природним, сирим» способом — без теплової обробки. Тому він і називався сир. За Петра I в Росії з'явилися європейські сорти сиру.